L’effet surprenant du café sur le microbiote

Alimentation

Un seul aliment peut-il provoquer un changement radical dans la composition du microbiote ? Oui, le café ! Celui-ci stimulerait fortement la prolifération d’une bactérie intestinale jusqu’alors peu connue selon une nouvelle étude. ¹

A propos de cet article

Publié le 19 février 2025

Mis à jour le 19 février 2025

On connaît les vertus du café sur la santé. Mais quel est précisément son effet sur le microbiote ?

Pour répondre à ces questions, des chercheurs des université d’Harvard (États-Unis) et de Trente (Italie) ont analysé le microbiote intestinal et la consommation de café de plus de 22 000 volontaires impliqués dans un programme de recherche anglo-américain.

Ils ont classé les participants en trois groupes :

« Non-buveurs », qui consommaient moins de 3 tasses de café par mois ;
« Buveurs modérés », qui en buvaient entre 3 tasses par mois et 3 tasses par jour.
« Gros buveurs », qui en buvaient plus de 3 tasses par jour ;

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Abstinents vs. addicts, pas les mêmes effets

Résultat : le microbiote des buveurs de café est clairement différent de celui des non-buveurs. L’analyse montre que 115 espèces bactériennes réagissent positivement à la boisson.

Combien de café par jour ? ²

1 tasse de café filtre (200 ml) = 90 mg de caféine
1 expresso (60 ml) = 80 mg de caféine
1 tasse de thé noir (220 ml) = 50 mg de caféine

Une consommation excessive de caféine (présente dans le café et le thé) est associée à des problèmes cardiovasculaires, des troubles du sommeil et un retard de développement du fœtus. Quelles sont les doses sans risque ?

Jusqu’à 200 mg de caféine par jour, le café est sans risque chez l’ensemble des adultes en bonne santé (jusqu’à 400 mg si la consommation est étalée sur la journée, sauf pour les femmes enceintes).
A partir de 100 mg de caféine par jour, il peut y avoir un impact sur le sommeil.

Fait surprenant : Lawsonibacter asaccharolyticus, une souche bactérienne du microbiote peu étudiée jusqu’à présent, est le microorganisme qui est le plus fortement lié à la consommation de café. Selon les calculs des scientifiques, son niveau est 4,5 à 8 fois plus élevé dans le microbiote des « gros buveurs » que dans celui des « non-buveurs » et 3,4 à 6,4 fois plus élevé chez les « buveurs modérés » que chez les « non-buveurs ».

En analysant un autre jeu de données sur plusieurs milliers de personnes vivant dans 25 pays différents, les chercheurs confirment que la présence de L. asaccharolyticus est bien associée à la consommation de café, et donc que cette association existe, quel que soit le pays ou le mode de vie.

Les vertus du café, médiées par le microbiote ?

S’il y a un aliment dont les effets bénéfiques sont démontrés, c’est bien le café. Les études indiquent qu’une consommation régulière est associée à un risque plus faible :

de diabète
de cancer
de maladie du foie gras
de maladies cardio-vasculaires
de mortalité toutes causes confondues

Son secret ? Sa teneur en polyphénols, notamment en acide chlorogénique un antioxydant présent en grande quantité dans la boisson. Cette molécule est susceptible d’être dégradée et transformée par les bactéries intestinales en de multiples métabolites potentiellement bénéfiques. Le microbiote pourrait donc être un médiateur des effets bénéfiques du café sur la santé.

Dans une précédente étude menée sur 1000 individus, les mêmes scientifiques avaient montré que, parmi 150 aliments, le café était de loin celui qui a l’impact le plus important sur la composition du microbiote intestinal.

La caféine hors de cause

Afin de vérifier que la croissance exceptionnelle de L. asaccharolyticus est directement liée au café, les scientifiques ont ensuite cultivé la bactérie in vitro, dans des milieux de culture additionnés ou non du café. Leurs résultats confirment que la bactérie se développe plus rapidement en présence de café… même quand celui-ci est décaféiné, ce qui met la caféine hors de jeu.

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Il se pourrait en fait que l’acide chlorogénique, un polyphénol du café supposé contribuer à ses effets bénéfiques, soit en cause dans la stimulation des L. asaccharolyticus. Ce dernier est métabolisé par les bactéries du microbiote en diverses molécules, notamment en acide quinique. Or, les chercheurs ont trouvé plus d’acide quinique dans le sang de ceux qui avaient les taux de L. asaccharolyticus plus élevés.

Prochaine étape pour les chercheurs : déterminer si d’autres aliments que le café stimulent spécifiquement des bactéries bénéfiques déjà connues. Grâce à des tests permettant de révéler la présence ou l’absence de certaines bactéries associées à un aliment, il serait possible de concevoir des régimes personnalisés. ³

Sources

^{1. Manghi P, Bhosle A, Wang K, et al. Coffee consumption is associated with intestinal Lawsonibacter asaccharolyticus abundance and prevalence across multiple cohorts. Nat Microbiol. 2024 Dec;9(12):3120-3134.}

^{2. EFSA}

^{3. Université de Trente}