Étude inédite : chaque maison possède son propre microbiome de l’eau

Une équipe de chercheur vient de mettre en évidence que dans chaque habitation, le microbiote de l’eau du robinet possède une signature qui lui est propre. Mais la présence concomitante de bactéries pathogènes et de gènes de résistance aux antibiotiques interroge…

A propos de cet article

Publié le 10 avril 2025

Mis à jour le 17 avril 2025

Vous pensez que l’eau qui coule au robinet de l’évier de votre cuisine est la même que celle de votre douche, et la même que celle qui coule chez votre voisin ? Et vous considérez qu’elle est globalement sûre ? Détrompez-vous !

Leurs microbiotes – oui, l’eau contient aussi des ensembles diversifiés de microorganismes ! – sont significativement différents, et ces populations sont associées à des risques pour la santé mais ce n’est pas tout, ces populations partagent des mécanismes de résistance aux antibiotiques, affirme une nouvelle étude¹ publiée dans Nature.

Microorganismes : de précieux microbes pour la santé humaine

Peu d’études sur la qualité de l’eau, directement au robinet

Habituellement, la grande majorité des microorganismes présents dans l’eau potable ne sont pas dangereux pour l’homme. En tant que partie intégrante de notre exposome, ils peuvent même participer à l’équilibre de notre microbiote intestinal. Mais l’eau potable est aussi un milieu pouvant contenir des gènes de résistance aux antimicrobiens (on parle de « résistome » de l’eau) et des microorganismes pathogènes.

Si, à l’échelle des villes, la qualité de l’eau potable des réseaux de distribution est très surveillée, on sait peu de choses sur celle qui arrive au niveau des robinets, à l’intérieur même des habitations. Certaines spécificités (diamètre réduit des tuyaux, températures plus élevées, stagnation nocturne, type de chauffe-eau…) peuvent pourtant influencer les communautés bactériennes qui y vivent.

L’eau potable, source de vie… et de micro-organismes

Pour mieux connaître ces particularités, des chercheurs ont recruté les habitants de 11 foyers de Saint-Louis dans le Missouri (États-Unis). Ils leur ont demandé de prélever, durant une semaine, l’eau coulant aux robinets de leur cuisine et de leur douche afin d’examiner les variations, notamment quotidiennes, de microbiote et de résistome.

Transferts de gènes de résistance, une bombe à retardement

L’analyse bactérienne des eaux de robinet a permis d’identifier une souche appelée Pseudoxanthomonas mexicana porteuse d’un gène de résistance aux antibiotiques de la famille des bêta-lactamines. Si cette bactérie a retenu l’attention des auteurs de l’étude, c’est que plusieurs études suggèrent que Pseudomonas aeruginosa résistante aux bêta-lactamines, une bactérie pathogène très répandue et mise en cause dans les infections nosocomiales, pourrait avoir acquis son gène de résistance… de Pseudoxanthomonas mexicana. Pour les chercheurs, il existe un risque non négligeable que l’utilisation d’eau potable contaminée par Pseudoxanthomonas mexicana entraîne des transferts du gène de résistance vers les bactéries du microbiote humain.

Cette étude éclaire sur l’importance de notre exposome et révèle l’existence d’un microbiote unique de l’eau domestique. Mieux le comprendre ouvre des perspectives pour une eau plus sûre, mais des recherches à plus grande échelle sont à ce stade nécessaires.

Des découvertes majeures qu’il est important de considérer

De façon surprenante, les résultats des analyses indiquent que l’eau de chaque foyer possède une signature microbienne spécifique, différente des autres foyers. Et le microbiome de l’eau de la cuisine est différent de celui de la douche.

50 % Une bactérie responsable d’infections de la peau, était présente dans 50 % des foyers

Les chercheurs ont par ailleurs identifié la présence de différents microorganismes pathogènes, notamment dans l’eau de la douche. Par exemple, Mycobacterium chelonae, une bactérie responsable d’infections de la peau, était présente dans 50 % des foyers.

Mais c’est la présence de gènes de résistance aux antimicrobiens, dont le profil était cette fois similaire d’un foyer à l’autre, qui a le plus interpellé les chercheurs. Ceux-ci en ont retrouvé 162, dont certains pouvant conférer une résistance à l'aztréonam et au méropénem, deux antibiotiques majeurs, utilisés pour traiter les infections récalcitrantes.

Pour les scientifiques, il apparaît fondamental de mettre en place une meilleure surveillance du résistome à l’échelle des foyers. Mais aussi de mieux surveiller les microorganismes pathogènes. Car il existe un risque non négligeable : celui que des gènes de résistance soient transférés aux pathogènes de l’eau et aux bactéries de notre microbiote.