VIH : des virus du microbiote pour suivre l’évolution de l’infection
Les personnes séropositives dont le système immunitaire est affaibli présentent une abondance de virus dans leur microbiote intestinal. Certains pourraient être utilisés pour prédire l’efficacité des traitements et suivre le rétablissement de l’immunité. 1
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A propos de cet article
Le tube digestif est le lieu majeur de la réplication du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) responsable du sida. La présence du VIH est en effet associée à une inflammation des muqueuses intestinale et à un déséquilibre des bactéries du microbiote ( (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) ) qui pourraient influencer la progression de la maladie.
39 millions de personnes dans le monde vivaient avec le VIH en 2022. ²
2/3 des personnes touchées par le VIH vivent en Afrique (25,6 millions). ²
Pas seulement des bactéries dans le microbiote…
Mais qu’en est-il des virus, présents aux côtés des bactéries, des champignons et des archées dans le microbiote intestinal ? Sont-ils, comme les bactéries, impliqués dans la maladie ?
Pour répondre à cette question, une équipe de chercheurs mexicains a analysé le « virome » (la composante virale du microbiote) des selles de 92 personnes vivant avec le VIH, à différents stades de l’infection, mais sans traitement, et l’a comparé à celui de 53 personnes en bonne santé. 1
1,3 million de personnes ont contracté le virus en 2022. ²
630.000 personnes sont mortes du sida en 2022. ²
Ils ont ensuite sélectionné, parmi les individus séropositifs, 14 personnes souffrant d’immunodéficience, c’est-à-dire présentant un faible taux de lymphocytes T CD4, les cellules dans lesquelles le VIH se multiplie.
Ils ont prélevé chez eux des échantillons de selles et de sang, avant un traitement antirétroviral et à 4 reprises durant celui-ci. Objectif : étudier l’évolution de l’immunité et du microbiote intestinal durant les deux premières années de thérapie.
Une expansion frappante de certaines espèces de virus
Résultats : chez les personnes les plus impactées par la maladie, qui présentent une immunodéficience sévère (taux de lymphocytes T CD4 < 350), trois espèces de virus sont présentes en très grande quantité dans le microbiote : Anelloviridae (anellovirus), Adenoviridae et Papillomaviridae. Il apparait que les anellovirus sont particulièrement impactés par le traitement antirétroviral ; leurs marqueurs diminuent en effet significativement après 24 mois de traitement.
Fait marquant : la présence d’anellovirus au début du traitement est associée à un moins bon rétablissement de l’immunité et à un nombre lymphocytes T CD4 plus faible, donc à une moindre efficacité du traitement.
Pour les scientifiques, cette étude constitue un pas important. Elle permet non seulement d’avoir une meilleure connaissance du virome, une fraction du microbiote intestinal peu étudiée et moins bien comprise que la fraction bactérienne, mais également de mieux comprendre l’implication des virus du microbiote dans l’infection au VIH.
Vers un meilleur suivi des malades
Ses résultats ouvrent la perspective de pouvoir un jour utiliser les anellovirus comme marqueur pour prédire l’efficacité du traitement et suivre le rétablissement immunitaire des personnes affectées par le VIH. Une bonne nouvelle à l’heure où la lutte contre le sida reste un enjeu majeur de santé publique.
