Le microbiome vaginal : un acteur méconnu de l’antibiorésistance

Les antibiotiques permettent de traiter les infections bactériennes et ont sauvé des millions de vies, y compris de femmes enceintes. Mais leur utilisation, surtout lorsqu’elle est excessive ou inadaptée, favorise la sélection de bactéries résistantes : les bactéries sensibles sont éliminées, tandis que les résistantes survivent, se multiplient et deviennent difficiles à combattre. À tel point que la résistance bactérienne aux antibiotiques est devenue un enjeu majeur de santé publique, reconnu par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).

Le microbiote vaginal, réservoir négligé de résistances ?

Ces résistances pouvant se transmettre d’une bactérie à une autre via des échanges de gènes, les scientifiques traquent leur présence dans notre environnement, mais également dans notre corps, puisqu’elles peuvent se cacher dans nos microbiotes. Si les résistances au sein des microbiotes intestinal, buccal et cutané ont déjà été étudiés, leur présence au sein du microbiote vaginal restait une terra incognita. Un terrain sur lequel une équipe française (Institut Pasteur, Assistance Publique–Hôpitaux de Paris, Université Paris Cité) s’est aventurée. Et bingo : dans 56 % des échantillons prélevés des 1547 femmes enceintes qui ont participé à l’étude¹, les chercheurs ont détecté au moins un gène associé à une résistance aux antibiotiques.

La composition du microbiote joue un rôle 

Plus intéressant encore : la composition bactérienne du microbiote vaginal des femmes joue un rôle. Les microbiotes intimes dominés par Lactobacillus crispatus présentaient moins de gènes de résistance. À l’inverse, les microbiotes dominés par Lactobacillus iners ou plus diversifiés et pauvres en Lactobacillus présentaient une plus grande diversité de gènes de résistance et une présence accrue d’éléments génétiques mobiles, capables de faciliter le transfert de résistances entre bactéries. Les chercheurs classent ces communautés en différents CST (types de communautés bactériennes). Le CST IV, pauvre en lactobacilles, est fréquemment associé à la vaginose, sans être systématiquement pathologique. La présence simultanée de certaines bactéries, de gènes de résistance aux antibiotiques et d'éléments génétiques mobiles pourrait favoriser leur circulation au sein du microbiote vaginal, sans que ces transferts aient été démontrés dans cette étude. Ces observations soulignent l’intérêt d’étudier ces communautés pour mieux comprendre la santé vaginale.

Un enjeu pour la grossesse ?

Les chercheurs ont également observé des liens entre certains profils du microbiote vaginal, les gènes de résistance aux antibiotiques et des complications de la grossesse. Les femmes ayant présenté un travail prématuré ou une rupture prématurée des membranes avant terme présentaient plus fréquemment certaines modifications du microbiote vaginal, notamment une augmentation de bactéries comme E. coli et K. pneumoniae et une diminution de plusieurs lactobacilles. Ces profils étaient également associés à des modifications des gènes de résistance aux antibiotiques, notamment aux β-lactamines dans les cas de rupture prématurée des membranes avant terme.

Et tout cela pourrait influer sur l’issue de la grossesse : les femmes ayant connu des complications à l’accouchement (travail ou accouchement prématuré) présentaient un microbiote vaginal diversifié (augmentation de E. coli et K. pneumoniae, diminution de plusieurs Lactobacillus) et davantage de gènes de résistance aux β-lactamines.