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Selon une nouvelle étude exploratoire, le café caféiné n’est pas le seul à avoir des effets sur le cerveau. Le déca aussi ! Et ça passerait par votre microbiote intestinal.

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A propos de cet article

Publié le 16 septembre 2026
Mis à jour le 17 septembre 2026

C’est aujourd’hui bien documenté : le café agit sur les fonctions cognitives en modulant les capacités d’attention, la vigilance, la mémoire, le stress… En revanche, les mécanismes sous-jacents restent largement méconnus.
Sont-ils médiés par le microbiote ? Et la caféine, est-elle vraiment la seule substance active impliquée dans ces effets sur le cerveau ?

-27 % C’est la diminution du risque de maladie d’Alzheimer chez les consommateurs de café².

3e boisson au monde Le café serait en troisième position des boissons les plus consommées dans le monde, après l’eau et le thé³.

2 milliards C’est le nombre de tasses de café bues chaque jour dans le monde³.

Mieux comprendre les liens entre café, intestin et cognition

La question mérite d’être posée, car plusieurs études en nutrition ont montré que le café, grâce à ses composés bioactifs (acides chlorogéniques, mélanoïdines et autres polyphénols), module fortement la composition du microbiote. Or, il existe une communication microbiote-cerveau, grâce à l’axe microbiote-intestin-cerveau, qui pourrait bien être en jeu, en dehors de la caféine, dans les effets du café sur la santé.

Pour tester cette hypothèse, des chercheurs irlandais ont recruté 62 adultes en bonne santé sans prise récente de probiotiques, de prébiotiques ou d’antibiotiques. La moitié étaient des buveurs de café réguliers (3 à 5 tasses par jour) et l’autre des non-buveurs. Les premiers ont arrêté le café pendant deux semaines, avant de reprendre leur habitude pendant trois semaines, sous forme soit de café normal, soit de café décaféiné, sans modifier leur régime alimentaire habituel. Objectif : distinguer les effets de la caféine de ceux des autres composants du café.

Les scientifiques ont prélevé des échantillons de selles, d’urine et de sang et ont fait passer des tests cognitifs et comportementaux à l’ensemble des participants et aux différents temps de l’étude, tout en suivant leur nutrition.

L’effet surprenant du café sur le microbiote

En savoir plus

Des effets positifs sur l’humeur et la cognition

Publiés dans Nature Communications1, les résultats montrent d’abord que les consommateurs de café présentent des différences notables de microbiote intestinal, notamment une plus grande abondance de Firmicutes CAG:94, une souche bactérienne associée aux émotions positives chez les femmes.

Après l’abstinence et la réintroduction, le café, quelle que soit sa teneur en caféine, influence sept souches microbiennes spécifiques du microbiote intestinal, et ce, sans affecter la diversité globale.

Côté cerveau, la réintroduction du café, qu’il soit caféiné ou non, a entraîné des effets bénéfiques, notamment une diminution :

  • du stress perçu,
  • des symptômes dépressifs ressentis,
  • de l’impulsivité (tendance à agir vite sans penser aux conséquences).

Seule la consommation de café caféiné était associée à une réduction de l’anxiété et à une amélioration des performances cognitives et des capacités d’adaptation face au stress.

De manière surprenante, la consommation de décaféiné (mais pas celle de café caféiné) était liée à une amélioration de la mémoire épisodique, une activité physique accrue et une meilleure qualité de sommeil.

06.06.2022 Pourquoi suis-je de si bonne humeur aujourd’hui ? En savoir plus

Le microbiote, un intermédiaire probable entre café et cerveau

L’analyse des selles des buveurs de café révèle qu’avant l’abstinence et par rapport aux non-buveurs, on trouve moins d’acide indole-3-propionique, un métabolite qui influence le système nerveux, et de GABA, un neurotransmetteur qui joue un rôle clé dans l’anxiété et les fonctions cognitives.

Il apparaît également que les taux de cinq métabolites du café (théophylline, acide hippurique, 1,7-diméthylxanthine, etc.) sont fortement liés non seulement aux résultats cognitifs et comportementaux, mais également à de nombreuses espèces bactériennes intestinales.

Selon les chercheurs, ces profils de métabolites fécaux reflètent principalement le métabolisme des différents polyphénols du café, qu’il soit ou non décaféiné. Le déca serait donc loin d’être un « café sans effets » !

Quoi qu’il en soit, les résultats de cette étude ambitieuse montrent qu’il existe bien une association entre café, bactéries intestinales, métabolites et mesures cognitives et comportementales, ce qui renforce l’hypothèse d’un rôle de l’axe intestin-microbiote-cerveau dans les effets du café.
On en tire donc plusieurs bénéfices santé, mais ce n’est pas un blanc-seing pour se jeter sur la cafetière non plus – une consommation excessive n’étant pas, on le sait, la meilleure alliée santé ! 

Des études approfondies seront toutefois nécessaires pour dépasser les liens de corrélations et définir un lien de cause-à-effet entre les différents acteurs de cet axe.

Sources

1. Boscaini S, Bastiaanssen TFS, Moloney GM, et al. Habitual coffee intake shapes the gut microbiome and modifies host physiology and cognition. Nat Commun. 2026 Apr 21;17(1):3439.

2. Liu QP, Wu YF, Cheng HY, et al. Habitual coffee consumption and risk of cognitive decline/dementia: A systematic review and meta-analysis of prospective cohort studies. Nutrition. 2016 Jun;32(6):628-36.

3. International Coffee Organization.

Tags
Dépression Anxiété Sommeil Régime Axe intestin-cerveau Santé intestinale Microbiome Flore

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