Клинический контекст важнее быстрых решений: новый консенсус по анализу микробиома

В последние годы идея использования кишечной микробиоты в качестве диагностического инструмента захватила воображение медицинского сообщества. Несмотря на растущий интерес, клиническая польза анализа микробиома остается в значительной степени недоказанной.

Недавний международный консенсусный ¹ отчет осветил эту актуальную проблему. Международная инициатива, объединившая 69 экспертов из 18 стран, разработала научно обоснованные стандарты для анализа микробиома, предназначенные для клиницистов и лабораторий. 

Состав экспертной

группы руппа, включающая клиницистов, микробиологов, микробных экологов, вычислительных биологов и биоинформатиков, использовала метод Дельфи для выработки рекомендаций. Эксперты в пяти группах изучили общие принципы, процедуры пробоподготовки, анализ микробиома, стандарты отчетности и клиническую значимость. Каждое положение тщательно проверялось и оценивалось по шкале Лайкерта. В финальную версию включались только рекомендации, достигшие 80% согласия

Консенсус: что нужно знать

Ниже приведены четыре рекомендации, ОБЯЗАТЕЛЬНЫЕ для каждого клинициста, заинтересованного в использовании микробиома в своей клинической практике.

• Анализы микробиома по инициативе пациента не рекомендуются: консенсус настоятельно не рекомендует самостоятельное назначение анализов микробиома пациентами. В идеале анализы назначаются врачом или лицензированным медицинским работником при наличии четких клинических показаний. Это подчеркивает опасения по поводу неправильной интерпретации и неадекватного вмешательства. 
• Не используйте соотношение Firmicutes/Bacteroidetes: эксперты не советуют указывать его в отчетах из-за недостаточных доказательств. Стандартные индексы дисбиоза также не валидированы. Необходимо комплексное таксономическое профилирование с помощью секвенирования 16S рРНК или метагеномного секвенирования. 
• Главное — клинический контекст: отчеты должны содержать подробные клинические метаданные (возраст, ИМТ, диета, лекарственные препараты) для облегчения интерпретации. Крайне важны сравнения со здоровыми контрольными группами, сопоставимыми по параметрам. Поставщики тестов не должны давать терапевтические рекомендации; это входит в компетенцию лечащего врача. 
• Качество и прозрачность: требуются аккредитованные лаборатории с валидированным программным обеспечением высокого качества. Подробное описание протокола, от сбора образцов до анализа, обеспечивает прозрачность процесса.