Najnowszy konsensus w sprawie testowania mikrobioty – uwzględnienie kontekstu klinicznego zamiast łatwego rozwiązania

W ostatnich latach pomysł wykorzystania mikrobioty jelitowej jako narzędzia diagnostycznego przemówił społeczności medycznej do wyobraźni. Jednak mimo rosnącego zainteresowania korzyści kliniczne płynące z testowania mikrobioty w dużej mierze nie zostały jeszcze udowodnione.

Nowo opublikowany raport ¹ w sprawie międzynarodowego konsensusu rzucił światło na tę palącą kwestię. Realizowana przez 69 ekspertów z 18 krajów inicjatywa miała na celu opracowanie jasnych, opartych na dowodach ram stanowiących dla klinicystów i laboratoriów wytyczne przyjmowania znormalizowanych praktyk w zakresie testowania mikrobioty.

Właściwy panel

Złożony z klinicystów, mikrobiologów, ekologów mikroorganizmów, biologów obliczeniowych i bioinformatyków panel oparł się na metodzie Delphi (sidenote: Metoda Delphi uporządkowany proces dochodzenia ekspertów do konsensusu poprzez wiele rund anonimowych ankiet i informacji zwrotnych. ) , aby opracować zestaw zaleceń. Pracując w pięciu grupach tematycznych, eksperci zajmowali się zasadami ogólnymi, procedurami poprzedzającymi test, analizą mikrobioty, standardami sprawozdawczości i istotnością kliniczną. Każde stwierdzenie zostało poddane drobiazgowej weryfikacji i ocenione na skali Likerta. Próg zgody wynoszący 80% był gwarancją, że ostatecznie zostaną przyjęte tylko wartościowe zalecenia.

Konsensus – co trzeba wiedzieć

Poniżej przedstawiamy cztery zalecenia OBOWIĄZKOWE dla każdego klinicysty zainteresowanego wykorzystaniem mikrobioty w swojej praktyce klinicznej.

• Rezygnacja z testowania na życzenie pacjenta. Konsensus zdecydowanie odradza samodzielne zamawianie testów mikrobioty przez pacjentów. Najlepiej, aby testy były zlecane przez lekarza lub licencjonowanego pracownika ochrony zdrowia w oparciu o jednoznaczne uzasadnienie kliniczne. Wynika to z obaw przed błędną interpretacją i zbędnymi interwencjami lekarzy.
• Nie tylko proporcja F/B. Zapomnijmy o proporcji Firmicutes/Bacteroidetes (sidenote: Proporcja Firmicutes/Bacteroidetes niegdyś popularny, a obecnie kwestionowany wskaźnik porównujący dwa główne typy bakterii w jelitach, często (niesłusznie) kojarzony ze zdrowiem lub chorobą. ) . Eksperci odradzają jej raportowanie z powodu niedostatecznych dowodów. Nie ma również walidacji rutynowych wskaźników dysbiozy. Należy się skoncentrować na kompleksowym  profilowaniu taksonomicznym (sidenote: Profilowanie taksonomiczne analiza społeczności mikroorganizmów poprzez identyfikację i kategoryzację jej członków na różnych poziomach taksonomicznych, takich jak rodzaj lub gatunek. )  przy użyciu 16S rRNA lub sekwencjonowania całego metagenomu.
• Najważniejszy jest kontekst kliniczny. Raporty muszą obejmować szczegółowe metadane kliniczne (sidenote: Metadane kliniczne istotne informacje o pacjencie (np. wiek, dieta, przyjmowane leki) dołączone do analizowanej próbki i pomagające w interpretacji danych mikrobioty w kontekście medycznym. )  (wiek, BMI, dieta, przyjmowane leki itp.), aby pomóc w interpretacji. Porównania z odpowiednimi zdrowymi grupami kontrolnymi mają zasadnicze znaczenie. Co zaskakujące, wykonawcy testu nie powinni udzielać porad terapeutycznych opartych na wynikach testów. Pozostaje to w gestii lekarza kierującego.
• Jakość i przejrzystość. Akredytowane laboratoria wysokiej jakości używające zatwierdzonego oprogramowania mają zasadnicze znaczenie. Szczegółowa sprawozdawczość obejmująca cały protokół testowy od pobrania próbki po analizę zapewnia przejrzystość.