La fratrie, déterminant majeur du développement du microbiote

Dès la naissance, la constitution du microbiote dépend principalement des sources microbiennes de proximité : de la mère surtout, mais aussi du reste de l’entourage familial, notamment des frères et sœurs. Cependant, l’impact de la fratrie a été peu étudié. Pour combler ce manque, des chercheurs danois ont séquencé des échantillons fécaux (à 1 semaine, 1 mois, 3 mois, 1 an, 4 ans et 6 ans) et pharyngés (à 1 semaine, 1 mois et 3 mois) prélevés sur 686 enfants issus de la cohorte COPSAC₂₀₁₀ (Copenhagen Prospective Studies on Asthma in Childhood 2010). A chaque visite, leur place dans la fratrie a été prise en compte et mise à jour. Quinze covariables ont par ailleurs été enregistrés : poids de naissance, la prise d’antibiotiques, l’alimentation, la présence d’animaux domestiques, etc. Les chercheurs ont ensuite évalué le lien entre la signature de la fratrie dans le microbiote des enfants et la présence d’asthme, de rhinite allergique et de sensibilisation allergique à l’âge de 6 ans.

Des différences de diversité et d’abondance chez les jeunes enfants ayant des aînés 

Les chercheurs ont constaté que la fratrie représentait l’un des facteurs les plus importants du développement du microbiote intestinal et des voies aériennes de l’enfant. Des différences significatives de composition, tant en termes de diversité que de quantités de genres bactériens, ont été retrouvées. L’impact de la fratrie était particulièrement apparent dans la première année de vie et une plus faible différence d’âge avec le frère ou la sœur aîné(e) avait plus d’impact que le nombre de frères et/ou sœurs aîné(e)s.

Le microbiote pharyngé des enfants ayant un (ou des) frères ou une (des) sœur(s) plus âgé(s) présentait à 3 mois une diversité alpha diminuée par rapport à celui des enfants uniques. Les genres Moraxella et Neissera étaient plus abondants, alors que les staphylocoques l’étaient moins. Aucun autre facteur, même majeur comme l’allaitement ou la prise d’antibiotiques, avait un impact supérieur à la fratrie sur la composition du microbiote pharyngé.

Quant au microbiote intestinal des enfants ayant un (ou des) frères ou une (des) sœur(s) plus âgé(s), il présentait jusqu’à 4 ans une plus grande diversité alpha et une différence significative de diversité bêta. A 1 an, la fratrie était le plus important déterminant de la diversité bêta après le mode de naissance. La présence d’un (ou de) frères ou d’une (de) sœur(s) plus âgé(s) était associée à moins d’Escherichia/Shigella, d’autres Enterobacteriaceae et de Veillonella, mais à davantage de Prevotella. Pour ce dernier genre bactérien, l’abondance augmentée était même plus prononcée à 4 ans et a persisté jusqu’à 6 ans. Enfin, un microbiote intestinal montrant la signature d’une fratrie à 1 an était associé à une réduction du risque d’asthme à l’âge de 6 ans.

Mieux intégrer les fratries dans les études sur le développement du microbiote

Les chercheurs estiment donc que le développement du microbiote du petit enfant est notablement influencé par la fratrie, avec des conséquences sur sa santé. Ils suggèrent que les études sur le développement du microbiote chez l’enfant prennent en compte la présence de frères et de sœurs, en particulier plus âgés.