Le calcul rénal, un mélange de minéraux… et de bactéries ?

Urologie

Et si les calculs rénaux n’étaient pas seulement des dépôts minéraux ?
Une étude révèle la présence de bactéries au cœur des calculs d’oxalate de calcium, suggérant qu’elles pourraient participer à leur formation dans les reins.

A propos de cet article

Publié le 01 juillet 2026

Mis à jour le 02 juillet 2026

Les calculs rénaux, ou lithiase rénale, sont des “cailloux” qui se forment dans les reins à partir de minéraux présents dans l’urine.
La majorité d’entre eux sont dits calciques, car composés de calcium, notamment sous forme d’oxalate de calcium.
Jusqu’ici, la formation de ces calculs était surtout expliquée par un phénomène chimique : lorsque l’urine est trop riche en calcium et en oxalate, des cristaux se forment, grossissent puis s’agglomèrent dans les voies urinaires.

70% Les calculs à base de calcium représentent plus de 70 % de l’ensemble des calculs, ce qui en fait de loin le type le plus fréquent dans le monde.¹

1/11 La prévalence de la lithiase rénale (maladie des calculs rénaux) est en augmentation à l’échelle mondiale au cours des dernières décennies, avec un risque de survenue au cours de la vie estimé à 1 personne sur 11.¹

80% Un taux de récidive pouvant atteindre 80 % a été observé pour certaines compositions de calculs.¹

Mais cette vision pourrait être erronée, tout comme la croyance que l’urine est stérile alors qu’elle abrite un microbiote urinaire, important pour la santé.

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Les principaux types de calculs rénaux sont :

les calculs calciques, qui sont les plus fréquents
les calculs de struvite, généralement causés par une infection, notamment une infection urinaire
les calculs d’acide urique, habituellement liés à une concentration élevée d’acide dans les urines.¹

Des bactéries dans les calculs calciques

Une étude¹ publiée dans la revue PNAS en 2026 propose qu’un acteur biologique joue également un rôle important : les bactéries.
Ce qui a mis les chercheurs sur cette piste, c’est une observation surprenante : des bactéries et des structures de type “biofilm”, sorte de matrice protectrice abritant des communautés bactériennes, ont été retrouvées dans des calculs rénaux d’oxalate de calcium.

Quels sont les symptômes des calculs rénaux ?

Il est possible de ne pas remarquer la présence de petits calculs rénaux. Dans la plupart des cas, ils sont éliminés dans les urines sans provoquer d’inconfort.

Les calculs rénaux plus volumineux peuvent entraîner plusieurs symptômes, notamment :

une douleur sur le côté de l’abdomen (du ventre) ;
une douleur intense qui apparaît et disparaît par épisodes ;
des nausées ou des vomissements.²

Du rôle des bactéries dans la formation du calcul

En regardant de plus près, les chercheurs ont découvert que les calculs ne sont pas homogènes : ils présentent une organisation en couches, alternant des zones minérales et des zones organiques riches en bactéries.

Sur le plan microbiologique, des bactéries ont été retrouvées dans près de la moitié des calculs étudiés, même chez des patients sans signe d’infection urinaire.
Les espèces les plus fréquentes étaient :

Escherichia coli
Enterococcus faecalis
et Proteus mirabilis.

Plus d’un tiers des calculs contenaient plusieurs espèces bactériennes, formant de véritables communautés microbiennes.

Quelles sont les causes des calculs rénaux ?

Les déchets présents dans le sang peuvent parfois former des cristaux qui s’accumulent dans les reins. Avec le temps, ces cristaux peuvent s’agglomérer et former une masse dure ressemblant à une pierre : un calcul rénal.

Le risque de formation d’un calcul est plus élevé si vous :

ne buvez pas suffisamment de liquides ;
prenez certains médicaments ;
souffrez d’une maladie qui augmente la concentration de certaines substances dans vos urines.

Une fois qu’un calcul rénal s’est formé, l’organisme tente généralement de l’éliminer naturellement lors de la miction (émission des urines).²

Pour les chercheurs, les bactéries joueraient un rôle actif dans la formation des calculs. Elles produiraient des biofilms riches en ADN extracellulaire, capables de capter les ions calcium et de les concentrer localement.
Ces structures créeraient des “points de départ” favorables à la formation des cristaux d’oxalate de calcium.
Les cristaux se développeraient ensuite autour et à travers ces biofilms, qui finiraient progressivement intégrés en couches successives au sein du calcul rénal.

Le calcul rénal, un biocomposite ?

Ainsi, les calculs rénaux pourraient ne pas être uniquement des dépôts minéraux issus d’un déséquilibre chimique, mais des structures hybrides mêlant minéral et biologique — de véritables “biocomposites”.

Si ce modèle est confirmé, il pourrait changer la compréhension de la maladie et ouvrir de nouvelles pistes de prévention et de traitement, en ciblant non seulement les cristaux mais aussi les biofilms bactériens impliqués dans leur formation.

Sources

^{1. Schmidt WC, Mousavi A, Li J, Yang R et al. Intercalated bacterial biofilms are intrinsic internal components of calcium-based kidney stones. Proc Natl Acad Sci SA. 2026 Feb 3;123(5):e2517066123.}

^{2. NHS - Kidney stones}