Les tissus lymphoïdes et épithéliaux du tube digestif sont endommagés suite à la primo-infection au virus de l’immunodéficience humaine-1 (VIH-1). Ces altérations entraînent notamment des inflammations locale et systémique chroniques, ainsi qu’une dysrégulation immunitaire, facteurs de développement précoce de pathologies liées à l’âge (diabète de type 2, troubles cardiovasculaires, syndrome de fragilité…). Pour étudier l’impact d’une contamination dans le temps, une équipe espagnole a suivi par shotgun* pendant 9 à 18 mois l’évolution de la composition intestinale bactérienne et virale de 49 sujets mozambicains récemment infectés par le VIH-1, ainsi que de 54 sujets contrôles. Les résultats ont ensuite été comparés avec ceux de 98 patients en phase chronique, sous traitement antirétroviral (27) ou non (71).
Excrétion fécale augmentée des adénovirus et…
Une augmentation rapide de l’excrétion des adénovirus fécaux est observée chez les patients récemment infectés. Cette situation se prolonge durant la phase chronique et n’est pas résolue chez les patients sous antirétroviraux. Ces virus sont rarement excrétés chez les contrôles. De plus, l’augmentation de l’excrétion fécale du CMV et de l’entérovirus est observée chez les patients chroniques non-traités, suggérant qu’elle est attribuable à un dérèglement immunitaire prolongé.
… appauvrissement des bactéries anti-inflammatoires
La composition bactérienne intestinale présente également des évolutions au fil du temps. Si la réduction transitoire de la richesse et de la composition observée après l’infection ne semble pas spécifique d’une contamination par le VIH-1, une signature caractéristique se détache en revanche dans la phase chronique : appauvrissement en Akkermansia, Anaerovibrio, Bifidobacterium et Clostridium. Une dysbiose associée, d’après la littérature, à une inflammation chronique, une anergie des lymphocytes T CD8+ et des troubles métaboliques, susceptibles de participer à la fragilisation des malades. Les chercheurs recommandent la mise en place d’études longitudinales sur l’effet des traitements antirétroviraux pour prévenir ou corriger les altérations du microbiote intestinal, préjudiciables aux personnes vivant avec le VIH-1.
*méthode de séquençage plus précise que le 16S
