Microbiote respiratoire et infections pulmonaires liées à la mucoviscidose

Une caractérisation précise du microbiote des voies respiratoires met en évidence la spécificité des populations bactériennes des enfants atteints de mucoviscidose. Une piste vers l’identification de facteurs de risques d’infections pulmonaires et vers une meilleure prise en charge.

UNE TECHNOLOGIE PLUS FINE

Les récents progrès des techniques de criblage moléculaire, de séquençage et d’analyses métagénomiques participent à une caractérisation fine du microbiote des voies respiratoires chez l’Homme. Cette précision croissante s’accompagne d’une meilleure compréhension des relations complexes entre les différentes populations de micro-organismes et le système respiratoire de leur hôte, que ce dernier soit en bonne santé ou non. À cet égard, la mucoviscidose est une bonne illustration. Les infections pulmonaires, qui jouent un rôle déterminant dans la pathogénèse de la maladie, présentent en effet des évolutions au fil du temps. D’infections (relativement) bénignes à Staphylococcus aureus et Haemophilus influenzae dans la petite enfance, elles évoluent vers des infections persistantes à bactéries Gram négatif de type Pseudomonas aeruginosa, dont la sévérité augmente avec l’âge. Une progression qui s’accompagne d’altérations du microbiote des voies respiratoires et suscite une interrogation sousjacente : ces dysbioses sont-elles des conséquences ou contribuent-elles au développement des épisodes infectieux ?

HISTOIRES DE DIVERSITÉ

À défaut d’apporter une réponse aux liens de causalité, une revue de la littérature permet d’identifier les différences entre un microbiote respiratoire sain et un microbiote perturbé par la mucoviscidose¹⁴. Le premier est diversifié et caractérisé par la prédominance d’un ou deux genres bactériens parmi Staphylococcus, Dolosigranulum, Corynebacterium, Haemophilus, Streptococcus et Moraxella ; ces trois derniers exposant à un risque plus élevé de développer des infections respiratoires aiguës. Les enfants atteints de mucoviscidose présentent pour leur part un environnement bactérien moins dense et moins diversifié, marqué par la prédominance de Corynebacterium et Streptococcus. La dysbiose semble s’accentuer avec le temps et la sévérité de la maladie, la phase terminale pouvant ainsi être reliée à la présence d’un ou deux pathogènes seulement.

POUR AMÉLIORER LA PRISE EN CHARGE

Les spécificités et l’évolutivité du microbiote des voies respiratoires des personnes atteintes de mucoviscidose mieux comprises, se pose la question des interactions entre dysbioses et développement structurel et fonctionnel des infections pulmonaires. Un décryptage fin des mécanismes en jeu pourrait permettre d’identifier d’éventuels facteurs pathogéniques ou protecteurs afin de renforcer les approches prophylactiques et thérapeutiques.