Les MICI, maladies inflammatoires chronique de l’intestin, en particulier la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse, sont des pathologies chroniques alternant phases de poussées et de rémission. Elles sont liées à des altérations du microbiote intestinal, associant une baisse de la diversité bactérienne et une réduction du nombre de certaines espèces. Mais de plus en plus d’études soutiennent l’idée d’une altération concomittante d’autres résidents de cet écosystème, les virus, se manifestant par une modification globale de leur diversité ainsi qu’une hausse spécifique de virus néfastes.
Une abondance de virus « tueurs »
Pour identifier les virus impliqués dans les MICI, une équipe internationale a étudié le microbiote intestinal de patients atteints de la maladie de Crohn ou d’une colite ulcéreuse, soit pendant les périodes de poussée, soit pendant celles de rémissions, et de témoins. Les résultats montrent que parmi ces derniers, 70 % ont en commun deux grands groupes de virus formant un « noyau viral » ; celui-ci est absent en cas de maladie. À la place, une multitude de bactériophages tempérés - redoutables virus qui détruisent les bonnes bactéries, ce qui pourrait expliquer la moindre diversité bactérienne observée dans le microbiote intestinal des malades. Les auteurs ont par ailleurs constaté des différences entre les deux maladies. Ainsi, les changements dans la composition virale et bactérienne du microbiote intestinal sont plus importants chez les patients atteints de la maladie de Crohn ; chez ceux souffrant d’une colite ulcéreuse, ils sont très peu notables entre les phases de rémission et de poussée sans que l’on sache très bien pourquoi.
Nouvelle approche
L’analyse conjointe des bactéries et des virus du microbiote intestinal offre une meilleure vision des altérations associées aux maladies inflammatoires de l’intestin. Cette approche pourrait permettre, à terme, le développement de biomarqueurs utiles au diagnostic et de nouvelles stratégies thérapeutiques.
