Découverte d’une « zone grise » entre antibiotiques bactériostatiques et bactéricides inhibiteurs

Les médicaments ont un impact majeur sur le microbiote. En particulier, les antibiotiques ciblent à la fois les bactéries pathogènes et les commensales. Ils sont ainsi connus pour modifier l’équilibre de la flore et engendrer des troubles digestifs comme des diarrhées et des infections par Clostridioides difficile. A plus long terme, ils peuvent favoriser les allergies et les troubles métaboliques. Pour comprendre plus précisément comment les différentes classes d’antibiotiques perturbent l’équilibre microbien intestinal, des chercheurs allemands ont analysé l’effet de 144 antibiotiques sur la croissance et la survie de 27 microorganismes commensaux, dont plusieurs Bacteroides.

Trois antibiotiques bactériostatiques à action bactéricide

En effectuant 815 combinaisons entre antibiotiques et espèces commensales, ils ont pu constater les différences de comportement des antibiotiques selon leur classe. De la 1ère à la 4ème génération des quinolones par exemple, le spectre d’activité s’élargit en inhibant pour la dernière presque toutes les espèces commensales testées. Les macrolides les inhibent toutes (sauf C. difficile). Et 8 tétracyclines sur 9 les inhibent presque toutes, ce qui est surprenant puisque le microbiote intestinal est considéré comme un réservoir de gènes de résistance contre les tétracyclines. Plus étonnant encore : l’érythromycine, l’azithromycine et la doxycycline, pourtant classées bactériostatiques, ont montré un effet bactéricide rapide sur 12 espèces commensales dans près de la moitié des cas. La diminution de la survie, supérieure à 99,9%, a été confirmée par un test de viabilité sur Bacteroides vulgatus et une souche d’Escherichia coli.

Des antidotes pour minimiser l’impact des antibiotiques sur les bactéries commensales

Ces observations remettent ainsi en cause une classification bactériostatique/bactéricide établie de longue date, tout en fournissant une possible explication au puissant effet des macrolides sur le microbiote intestinal. Les chercheurs ne s’en sont pas tenus à ce constat puisqu’ils ont criblé leur base de 1200 médicaments afin de trouver des molécules ayant un effet « antidote » à l’activité bactéricide de l’érythromycine et de la doxycycline sur les commensales, mais n’empêchant pas l’action de ces antibiotiques sur les pathogènes. Une quinzaine de molécules se sont révélées intéressantes. Les scientifiques les ont testées à différentes concentrations sur un système microbien synthétique et sur un modèle animal contenant 12 espèces commensales. Résultat : dix molécules ont permis d’épargner substantiellement les commensales, les plus puissantes étant le dicoumarol, la benzbromarone et deux anti-inflammatoires non stéroïdiens, l’acide tolfénamique et le diflunisal.