Dès lors que l’on plonge dans l’infiniment petit qui peuple notre corps, il est des mots de vocabulaire qui pointent invariablement le bout de leur nez sans forcément être clairement définis… ou utilisés de manière idoine. Quelques définitions s’imposent donc.
De l’ancêtre flore…
Le terme de flore est sans doute le plus ancien. Il se référait d’ailleurs en général au système digestif (on parlait de flore intestinale) et désignait, selon les termes du Larousse médical, l’« ensemble de germes qui existent normalement dans l'intestin ». A cette époque, on pensait que cette flore contenait surtout des bactéries1. Donc lorsque l’on écrivait « flore », on se référait en général à la population bactérienne nichant dans nos entrailles.
… au microbiote contemporain
La science progressant, cette vision de la « flore » s’est avérée bien trop simpliste. D’une part, notre système digestif est loin de n’héberger que des bactéries : y vivent aussi des virus, des champignons (dont les levures), des parasites2….
(et non, le pipi n’est pas stérile !) -pour ne citer qu’eux- disposent chacun d’une « flore »3…
Petit à petit, s’est donc imposé un autre terme : celui de « microbiote » qui désigne sans ambiguïté toutes les communautés de micro-organismes (et pas seulement les bactéries). Sachant qu’on lui adjoint toujours un adjectif précisant sa localisation (microbiote cutané, buccal, etc.). Car, évidemment, chacun de ces microbiotes à ses propres caractéristiques en termes de micro-organismes présents.
Et le microbiome ?
Parfois, la différence ne tient qu’à un fil, ou plutôt une lettre. Ainsi, seule une lettre sépare le « microbiote » du « microbiome ». Et pourtant, ces deux termes sont de faux amis. Si le premier désigne la population installée dans une zone spécifique de notre organisme (telles bactéries, tels virus…), le second recouvre une toute autre réalité : le matériel génétique de cette communauté prise dans son ensemble, autrement dit tout ce que ses microorganismes savent faire (produire telles molécules, fabriquer tels types de membranes). Un peu comme si on mettait tous les organismes d’un microbiote dans un mixeur pour oublier chaque individualité et ne considérer que le matériel génétique de cette soupe de micro-organismes. Si l’on devait faire une comparaison avec un village, le microbiote serait la liste des habitants et le microbiome la liste de ce que tous les individus collectivement savent faire (fabriquer du pain, construire une maison…).
