Gdy zanurzamy się w mikrokosmos żyjący w naszym organizmie, na myśl zawsze zaczynają przychodzić terminy niekoniecznie jasno zdefiniowane... albo poprawnie stosowane. Trzeba zatem ustalić kilka definicji.
Od dawnej mikroflory...
Termin „mikroflora” jest bez wątpienia najstarszy. Niegdyś dotyczył on ogólnie układu pokarmowego (mówiło się o mikroflorze jelitowej) i, zgodnie ze słownikiem medycznym Larousse’a, oznaczał „ogół drobnoustrojów, których obecność w jelicie jest normą”. W tamtych czasach uważano, że mikroflora ta składa się przede wszystkim z bakterii1. Kiedy zatem pisano „mikroflora”, chodziło na ogół o populację bakterii zasiedlających nasze wnętrzności.
...do współczesnej mikrobioty
Wraz z postępem nauki ta wizja „mikroflory” okazała się o wiele za bardzo uproszczona. Z jednej strony, w układzie pokarmowym bytują bynajmniej nie tylko bakterie – żyją w nim również wirusy, grzyby (w tym drożdże), pasożyty2….
(nie, mocz nie jest sterylny!), by wymienić tylko niektóre. Każdy z tych narządów ma własną „mikroflorę¨3.
Powoli zatem zaczęto używać innego terminu: „mikrobiota”, oznaczającego bez wprowadzania niejasności wszystkie społeczności mikroorganizmów, a nie tylko bakterie. Zawsze dodaje się do tego słowa przymiotnik określający lokalizację (mikrobiota skórna, ustna itp.) Bo, oczywiście, każdą z tych mikrobiot cechuje inny skład obecnych w niej mikroorganizmów.
A mikrobiom?
Czasem dwie rzeczy różnią się o włos, a czasem o dwie litery. Bo tylko dwie litery różnią mikrobiotę od mikrobiomu. Ale te dwa słowa to fałszywi przyjaciele. Pierwsze z nich oznacza populację zasiedlającą określoną strefę naszego organizmu (bakterie, wirusy itp.), a drugi dotyczy czegoś zupełnie innego, mianowicie materiału genetycznego tej społeczności rozpatrywanego jako całość, czyli tego, co te mikroorganizmy potrafią (wytwarzać takie i takie cząsteczki, tworzyć takie i takie rodzaje błon). To trochę tak jakby wrzucić wszystkie organizmy tworzące mikrobiotę do miksera, żeby przestały nie mieć więcej do czynienia z poszczególnymi osobnikami, tylko z materiałem genetycznym zawartym w zupie z mikroorganizmów. Gdybyśmy mieli porównać tę sytuację z miastem, mikrobiota byłaby wykazem wszystkich mieszkańców, a mikrobiom – wykazem ich kwalifikacji zawodowych (pieczenie chleba, budowa domów itp.).
