Imprévisible et chronique, la maladie de Crohn suit une évolution très variable d’un patient à l’autre. Si les causes de cette pathologie inflammatoire sont mal connues, le microbiote intestinal des patients paraît moins équilibré que celui des sujets sains. Mais s’agit-il d’une cause de la maladie, ou d’une simple adaptation du microbiote à un environnement, devenu inflammatoire ?
Une étude observationnelle sur 2 ans
Pour y voir plus clair, des chercheurs israéliens et américains ont suivi pendant deux ans le microbiote de 45 patients en phase de rémission de la maladie. Au cours de cette étude prospective observationnelle, l’analyse du microbiote intestinal, le dosage de la protéine C réactive (tous les 3 mois), celui de la calprotectine fécale ainsi que des endoscopies (tous les 6 mois) ont été réalisés. Les résultats ont été comparés à ceux de 17 patients en phase inflammatoire de la maladie et à ceux de 22 patients contrôles. Objectif : identifier si des changements dans le microbiote précédaient les phases de poussée. Pour optimiser l’analyse, les chercheurs se sont appuyés sur le machine learning, une technologie informatique qui permet d’automatiser le développement de modèles analytiques fondés sur les données engrangées et non une programmation préalable.
Instabilité du microbiote et poussées
Les résultats confirment que les patients souffrant de la maladie de Crohn ont globalement un microbiote moins riche et plus déséquilibré (indice de dysbiose plus élevé) que les patients sains. Ils soulignent surtout, chez les 27 patients (sur les 45) qui ont souffert d’une crise pendant les deux années de suivi, que cette phase inflammatoire a été précédée d’une réduction considérable de l’abondance de certaines bactéries (familles Christensenellaceae et S24.7) et d’une hausse d’autres (Gemellaceae), par rapport aux malades restés en rémission. De plus, les patients dont le microbiote intestinal s’avère plus instable dans la phase de repos de la maladie présentent 11 fois plus de risques d’une poussée à venir. Ainsi, une évolution de l’abondance relative des trois taxons précités et une instabilité globale de l’ensemble du microbiote intestinal semblent précéder les crises, indiquant un probable rôle de la flore digestive dans la pathogénèse des poussées. Malgré les biais du machine learning (excès de variabilité individuelle par rapport aux facteurs cliniques), ces résultats ouvrent néanmoins la voie à une future prise en charge individualisée, qui pourrait prédire - et pourquoi pas prévenir - les crises à venir.
