Effet du microbiote intestinal sur la vaccination Covid, et vice-versa
On soupçonnait une interaction bidirectionnelle entre le microbiote intestinal et la vaccination. Des travaux viennent de la confirmer, en caractérisant les bactéries liées à la durabilité de l’immunité, et les effets de deux technologies vaccinales (ARN et virus désactivé) sur le microbiote.
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A propos de cet article
Les réponses immunitaires au vaccin contre le COVID-19 dépendent de multiples facteurs, dont la composition du microbiote intestinal. Inversement, la vaccination pourrait moduler la flore intestinale. Pour mieux comprendre cette interaction bidirectionnelle, une étude prospective longitudinale a été menée à Hong Kong. Et ce, via le recueil d’échantillons de sang et de selles (à l’inclusion puis 1 et 6 mois après la vaccination) de sujets vaccinés soit avec le (sidenote: BNT162b2 Vaccin anti-covid 19 à ARN incorporé dans des nanoparticules de lipides du laboratoire BioNTech-Pfizer, commercialisé sous le nom "Comirnaty" dans l'UE. ) (n=121 sujets, âge moyen = 42 ans), soit avec le (sidenote: CoronaVac Vaccin anti-covid 19 à virus entier inactivé, adjuvé (adjuvant : hydroxyde d'aluminium) de Sinova. Autorisé dans de nombreux pays d'Asie et d'Amérique du Sud. En Europe, il est autorisé en Bosnie, en Ukraine et en Turquie. Source : www.mesvaccins.net/ ) (40 sujets, âge moyen = 55 ans), et n’ayant pas contracté le Covid durant l’étude.
Effet du microbiote sur la réponse vaccinale
L'immunogénicité du BNT162b2 (vaccin ARNm) s’est avérée plus forte et plus durable que celle du CoronaVac, les sujets présentant des taux d’anticorps à 6 mois plus élevés.
Chez les sujets vaccinés BNT162b2, une plus grande abondance de Bifidobacterium adolescentis, de B. bifidum et de Roseburia faecis au moment de la vaccination allait de pair avec une meilleure réponse vaccinale. L’abondance de trois espèces bactériennes (B. adolescentis, Lachnospira pectinoschiza et Lactococcus lactis) à l’inclusion permettaient même de prédire la réponse vaccinale à 6 mois. 28 métabolites, dont l'acide nicotinique (Vitamine B) et γ-aminobutyrique (GABA), étaient associés, positivement ou négativement, avec la réponse au vaccin.
Chez les vaccinés CoronaVac (virus inactivé), davantage d’anticorps à 6 mois allaient de pair avec davantage de bactéries productrices d'acide gras à chaîne courte comme Phocaeicola dorei, Blautia massiliensis et Dorea formicierans et avec une moindre abondance de Faecalibacterium prausnitzii à l'inclusion. L’abondance de trois espèces bactériennes (Clostridium fessum, Actinomyces sp. ICM47, et Enterrotcloster citroniae) à l’inclusion prédisaient les anticorps à 6 mois. 42 métabolites, dont le L-tryptophane, s’avéraient associés négativement aux anticorps à 6 mois. Ainsi, chaque technologie vaccinale est associée à une réponse immunitaire particulière, dépendante de la composition initiale du microbiote.
Effet du vaccin sur le microbiote
Inversement, le vaccin, quel qu’il soit, modifiait le microbiote intestinal : réduction de la diversité ; augmentation de Bacteroidota et Pseudomonadota et moindre abondance de Bacillota et Actinomycetota ; réduction des voies de biosynthèse de l'histidine et accroissement de celles de dégradation de la méthionine et de l'arginine. Les altérations du microbiote intestinal liées à la vaccination de CoronaVac ressemblaient davantage à celles induites par l'infection par le SRAS-CoV-2. La technologie de ce vaccin (virus entier inactivé) pourrait expliquer cette différence.
Enfin, le microbiote intestinal du groupe BNT162b2 a plus rapidement retrouvé sa diversité, mais une plus grande proportion (58,0 %) des espèces modifiées par la vaccination n’était pas revenue aux niveaux initiaux 6 mois après la vaccination, comparativement au CoronaVac (21,6 %).
