Covid-19 : le microbiote intestinal impliqué ?

Bien que la Covid-19 soit une affection principalement respiratoire, des travaux ont récemment pointé du doigt l’implication du microbiote intestinal. Une nouvelle étude conduite début 2020 confirmerait cette hypothèse. Elle a été menée auprès de 100 patients Covid-19 de 2 hôpitaux hongkongais (âge moyen : 36,4 ans ; 47 cas légers, 45 modérés, 5 sévères et 3 critiques) et 78 contrôles recrutés avant l’épidémie. Objectifs : rechercher un lien entre microbiote intestinal et sévérité des cas, et évaluer la persistance d’une éventuelle dysbiose après l'élimination du virus.

Une dysbiose intestinale chez les patients Covid-19

La composition du microbiote intestinal de 87 patients dont les fèces avaient été collectées durant leur hospitalisation montrait une dysbiose (davantage d’espèces appartenant au phylum des Bacteroidetes, moins à celui des Actinobacteria), comparativement aux témoins et, selon les auteurs, indépendamment d’un éventuel traitement antibiotique. Cette composition semblait associée à la gravité de la maladie et l’antibiothérapie, qui concernait 34 % des patients, était le 2e facteur explicatif de la sévérité. Certaines bactéries immunorégulatrices (Faecalibacterium prausnitzii, Bifidobacterium bifidum) étaient négativement corrélées à la sévérité après ajustement sur le recours aux antibiotiques et l'âge. Néanmoins, le design de l’étude (gestion clinique hétérogène, 31 % des patients présentaient des comorbidités…) ne permet pas à ce stade de confirmer les résultats obtenus.

Une réponse immunitaire associée

De plus, cette dysbiose était corrélée avec des concentrations plus élevées en cytokines inflammatoires et autres marqueurs sanguins (sidenote: Protéine C réactive, lactate déshydrogénase, aspartate aminotransférase et gamma-glutamyltransférase ) . Aussi, la composition du microbiote intestinal pourrait être associée à l'ampleur de la réponse immunitaire à la Covid-19 et aux lésions tissulaires associées et jouerait un rôle dans la régulation de la sévérité de la maladie. Pour autant, une autre explication reste possible selon les auteurs : la dysbiose observée pourrait simplement être une réponse à l'état de santé et à l'état immunitaire des patients plutôt qu’être directement impliquée dans la sévérité de la maladie.

Une dysbiose persistante même après l’élimination du virus

En outre, la composition du microbiote intestinal de 27 patients analysée jusqu’à 30 jours après l’élimination du virus s’avérait différente de celle des témoins : davantage de B. dentium et Lactobacillus ruminis, moins de Eubacterium rectale, Ruminococcus bromii, F. prausnitzii et B. longum. Et ce, qu'ils aient reçu (14 patients) ou non (13) des antibiotiques, même si ce traitement avait tendance à accentuer la différence. Selon les auteurs, cette dysbiose pourrait participer à la persistance des symptômes. Néanmoins, un suivi à plus long terme (3 mois à 1 an après élimination du virus) serait nécessaire pour confirmer le lien entre dysbiose et symptômes persistants.