Une équipe italienne a étudié le microbiote intestinal de 52 patients ayant eu au moins deux épisodes symptomatiques de calculs rénaux constitués à plus de 80% de cristaux d’oxalate de calcium (groupe C+), et l’a comparé à celui de 48 témoins sains. Ce type de calcul est identifié dans 70 % des coliques néphrétiques, généralement sans cause primitive retrouvée. Seule l’alimentation (apports de calcium et d’oxalate trop importants) est actuellement incriminée dans la genèse de ces lithiases idiopathiques, souvent récidivantes. L’implication du microbiote intestinal avait déjà été suggérée par une étude mettant en évidence la capacité d’une bactérie intestinale (Oxalobacter formigenes)à dégrader l’oxalate, réduisant ainsi son absorption et son excrétion urinaire.
Genres bactériens impliqués dans l’oxaliurie
Ces nouveaux travaux étayent l’hypothèse : les échantillons du groupe C+ comprenaient une diversité plus faible et sur le plan taxonomique une représentation significativement inférieure de trois genres : Faecalibacterium, Enterobacter, Dorea. En revanche, la proportion d’Oxalobacter formigenes détectée dans chaque échantillon était très faible, et sans différence entre les groupes. Les scientifiques ont ensuite recherché une éventuelle différence d’activité de dégradation oxalique. Cinq échantillons de chaque groupe ont été testés par une méthode de séquençage spécifique ciblant les gènes impliqués dans la dégradation de l’oxalate. Les échantillons du groupe C+ contenaient une proportion réduite de ces gènes inversement corrélée à l’oxaliurie des 24h et à son excrétion dans les selles. Cette approche génétique a également permis d’identifier pour la première fois des bactéries et des archées porteuses de gènes impliqués dans la dégradation de l’oxalate (Escherichia coli entre autres) qui étaient plus représentées dans le groupe de témoins sains.
Modulation du microbiote : une piste d’avenir ?
Les études antérieures n’avaient pas permis de montrer l’efficacité de prébiotiques et de probiotiques ciblés sur Oxalobacter formigenes pour prévenir la récidive des calculs. Selon les chercheurs, cet échec pourrait provenir de l’implication d’autres espèces dans l’équilibre oxalo-calcique. C’est pourquoi ces travaux fournissent de nouvelles pistes de recherche sur l’axe intestin-rein et sur la pathophysiologie de la lithiase rénale. Ils devraient permettre d’évaluer de nouvelles stratégies thérapeutiques en lien avec la modulation du microbiote intestinal.
