Przewidywanie ryzyka wystąpienia martwiczego zapalenia jelit z wykorzystaniem wirusologii jelitowej

Martwicze zapalenie jelit (NEC) jest poważnym i nagłym powikłaniem martwiczo-zapalnym u wcześniaków. Wcześniejsze badania sugerują udział mikrobioty jelitowej w jej występowaniu, inne wskazują na możliwy udział niektórych wirusów. Jednak wirusologia jelitowa wcześniaków pozostawała do tej pory słabo poznana.
Stąd praca amerykańskiego zespołu, który monitorował rozwój wirusa wcześniaków w czasie, aby zidentyfikować czynniki, które mogą wpływać na rozwój martwiczego zapalenia jelit.

Zbieżność wirusów na 10 dni przed zachorowaniem

W tym podłużnym badaniu metagenomicznym wirusy jelitowe 23 wcześniaków były analizowane za pomocą sekwencjonowania następnej generacji. Dzieje się to w ciągu ich pierwszych 11 tygodni życia, między 25 a 36 tygodniem wieku pomenstruacyjnego (sidenote: wiek pomenstruacyjny wiek odpowiadający liczbie tygodni ciąży przy urodzeniu plus wiek postnatalny. ) . U dziewięciu z tych dzieci martwicze zapalenie jelit rozwinęło się w średnim wieku pomenstruacyjnym wynoszącym około 31 tygodni; czworo nie przeżyło.

Wyniki badań wskazują, że wirusologia jelitowa wcześniaków wykazuje silną zmienność między- i wewnątrzindywidualną w czasie. Ta obserwacja jest identyczna bez względu na to, czy u dzieci rozwinął się NEC czy nie. Szczególnie interesującym wynikiem było jednak to, że wirusy jelitowe dzieci, u których rozwinęło się NEC, zaczęły się zbiegać pod względem różnorodności beta na (sidenote: różnorodności β na Miara wskazująca na różnorodność gatunkową pomiędzy próbkami, pozwala na ocenę zmienności różnorodności mikrobioty pomiędzy badanymi. Hamady M, Lozupone C, Knight R. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data. ISME J. 2010;4:17-27. https://www.nature.com/articles/ismej20099 ) 10 dni przed wystąpieniem choroby. Ta konwergencja spowodowała wzbogacenie określonych wirusów i utratę innych.
Po stronie bakteryjnej różnorodność beta bakterii u tych dzieci była stabilna w ciągu 25 dni poprzedzających NEC. Jednak w tym okresie liczebność Gammaproteobacteria, Bacilli, Enterococcaceae, Enterobacteriaceae i Veillonellaceae różniła się w przypadku próbek kontrolnych.

Rozpoznanie dzieci z grupy ryzyka

Istnieją zatem sygnatury wirusowe związane ze specyficznymi interakcjami wirus-bakteria, które pojawiają się na mniej więcej 10 dni przed wystąpieniem NEC. Pozwala to przypuszczać, że w patogenezie tego powikłania u wcześniaków bierze udział wirusologia jelitowa. Ponieważ położenie geograficzne jest czynnikiem, który może wpływać na mikrobiom i wirusy, wyniki te pochodzące z jednego szpitala w USA wymagają potwierdzenia w innych społecznościach. Wskazują one jednak na możliwość wczesnej identyfikacji dzieci o zwiększonym ryzyku rozwoju NEC.