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Votre lait maternel n'est pas seulement un aliment, c'est un écosystème vivant. Chaque tétée apporte des bactéries directement dans l'intestin de votre bébé. De récentes découvertes scientifiques permettent désormais de déterminer précisément quelles bactéries s'y installent et façonnent la santé de votre enfant de l'intérieur.

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A propos de cet article

Auteur

Dr Amine Zorgani
Publié le 02 avril 2026
Mis à jour le 03 avril 2026

Vous savez déjà que le lait maternel est extraordinaire. Mais des scientifiques viennent de révéler quelque chose qui va bien au-delà de la simple nutrition : votre lait regorge de bactéries, et ces bactéries se retrouvent directement dans l’intestin de votre bébé, s’y installent et commencent à façonner sa santé dès les premières semaines de vie.
Une nouvelle étude majeure 1 publiée dans Nature Communications, qui a suivi 195 couples mère-bébé pendant six mois, a utilisé une technologie suffisamment puissante pour distinguer les « empreintes » bactériennes individuelles et les a suivies, une par une, du lait jusqu'au bébé.

Gut microbiota: our immune system’s best friend 12.09.2022 Le microbiote intestinal : l'allié de notre système immunitaire En savoir plus

Ce petit habitant qui fait tout tenir ensemble

Parmi toutes les bactéries identifiées par les scientifiques, une se démarquait : Bifidobacterium longum. Elle était présente dans l’intestin de 98 bébés sur 100 à l’âge d’un mois.
Mais ce qui la rend remarquable, ce n’est pas seulement sa prévalence, c’est son action. Les bébés dont l'intestin était dominé par cette espèce, en particulier une sous-espèce appelée B. longum subsp. infantis, présentaient un microbiome intestinal qui restait remarquablement stable au cours des mois suivants.
Il s'est stabilisé, plutôt que de fluctuer. Pourquoi ? Parce que cette bactérie a développé une capacité particulière à décomposer les sucres naturels du lait maternel, des sucres qui, semble-t-il désormais, existent précisément pour la nourrir.

Plus les mères allaitaient exclusivement longtemps, plus cette espèce prospérait. Chez les bébés qui avaient arrêté plus tôt, les communautés qui s'installaient étaient moins stables. Ce que vous donnez à manger à votre bébé détermine qui s'installe et qui reste.

Avertissement

Au Biocodex Microbiota Institute, nous sommes conscients que l'allaitement maternel, y compris l'allaitement prolongé, n'est pas toujours possible ou adapté à toutes les mères et à toutes les familles. Cet article a pour objectif de partager les dernières découvertes scientifiques sur le sujet, tout en respectant la diversité des parcours d'alimentation et des situations individuelles.

De votre lait à leur intestin : une transmission directe

C'est là que la recherche devient véritablement stupéfiante. Grâce à une technique capable de distinguer des « jumeaux » bactériens – des souches si proches qu'elles semblent identiques aux tests classiques –, les scientifiques ont découvert quelque chose qui n'avait jamais été confirmé auparavant avec une telle précision : la souche exacte détectée dans le lait maternel a également été retrouvée, quelques semaines plus tard, dans l'intestin de son bébé. Il ne s'agissait pas simplement d'une espèce similaire, mais d'une identité génétique identique. Vos bactéries connaissent l'adresse de votre bébé, et elles s'y rendent d'elles-mêmes.

Ils ont également fait une découverte inattendue concernant le sens de la circulation. Certaines bactéries communes appartenaient à des espèces que l'on trouve habituellement dans la bouche, ce qui suggère que lorsque votre bébé tète, des microbes présents dans sa bouche se retrouvent dans le lait. L'allaitement maternel n'est pas un transfert à sens unique. Il s'agit d'un échange entre deux microbiomes, qui s'effectue dans les deux sens à chaque tétée.
Le mode d'accouchement laisse également son empreinte ici. Les bébés nés par voie vaginale ont conservé leurs bactéries intestinales nettement plus longtemps ; à six mois, leur communauté microbienne ressemblait davantage à celle qu'ils avaient à un mois.
Les bébés nés par césarienne présentaient un tableau plus fluctuant, avec moins de souches persistantes. Aucune de ces conclusions n'est définitive. Mais la manière dont un bébé vient au monde façonne le microbiome qu'il portera tout au long de sa vie.

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Les gènes dont votre bébé était porteur à la naissance 

Tous les bébés participant à l'étude, y compris les deux tiers qui n'avaient jamais reçu le moindre antibiotique, étaient porteurs de gènes liés à la résistance aux antibiotiques. Cela peut sembler alarmant. Ce n'est pourtant pas le cas. Ces gènes, désignés collectivement sous le nom de « résistome », constituent une caractéristique normale et ancestrale de l'intestin humain, bien plus ancienne que les antibiotiques eux-mêmes. Ce que les scientifiques cherchaient simplement à comprendre, c'était d'où provenait le résistome d'un nouveau-né.

Resistome

L'ensemble des gènes de résistance aux antibiotiques présents dans un microbiome. Anciens et courants, ces gènes existaient bien avant la mise au point des antibiotiques. Les bébés en sont porteurs dès la naissance. Cette étude montre que l'allaitement maternel contribue à les maintenir sous contrôle.

La réponse réside, en grande partie, dans le lait maternel. Les mères et leurs bébés partageaient bien plus de gènes de résistance entre eux que les couples sans lien de parenté, ce qui prouve clairement que l'alimentation constitue une voie de transmission. Mais voici ce qui importe le plus : les bébés dont l'intestin était dominé par les Bifidobacterium, précisément les bactéries que le lait maternel favorise, possédaient nettement moins de gènes de résistance que ceux dont la flore microbienne était différente. 

L'allaitement maternel ne se contente pas de favoriser le développement d'un microbiome florissant. Il élimine activement un microbiome moins souhaitable. Chaque tétée est, au sens biologique le plus littéral du terme, un acte de protection.

Antibiotiques : quels impacts sur le microbiote et notre santé ?

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Source

1.  Ferretti P. et al. Assembly of the infant gut microbiome and resistome are linked to bacterial strains in mother's milk. Nature Communications (2025) 16:11536.

Tags
Allaitement Lait maternel Bébé Colonisation Microbiote intestinal Transmission mère-enfant Résistance aux antibiotiques Bifidobactérie Microbiome Flore

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    Publié le 02 avril 2026
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    Sujet principal

    Allaitement

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    Le microbiote intestinal

    Auteur

    Dr Amine Zorgani

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