Évolution du microbiote buccal pendant les voyages : exposition environnementale, dysbiose et résilience

 1. Combien de voyages les gens effectuent-ils chaque année ?

Selon la Commission européenne, les résidents de l’UE âgés de 15 ans et plus ont effectué près de 1,2 milliard de voyages touristiques avec nuitées en 2024, ce qui correspond à environ trois voyages par personne et par an¹. Cette fréquence de déplacement revêt une grande importance biologique, car le fait de passer sans cesse d’un environnement à l’autre multiplie les expositions aux microbes et les perturbations écologiques à court terme. Si les modifications du microbiote intestinal liées aux voyages — et le syndrome de la diarrhée du voyageur — sont largement documentées, le microbiote buccal (salive, langue, plaque dentaire) a en revanche été bien moins étudié, alors même qu’il constitue une interface majeure entre notre organisme et l’extérieur.  

2. Pourquoi les voyages sont-ils censés remodeler le microbiote buccal ?

La cavité buccale, constamment en première ligne face à l’environnement extérieur, se montre particulièrement vulnérable aux brusques changements de mode de vie et d’environment. Bien que les communautés microbiennes buccales restent généralement stables d’un individu à l’autre, elles réagissent aux modifications de l’alimentation, de l’hygiène bucco-dentaire, du rythme circadien, du stress et de l’état du système immunitaire. La santé de la bouche repose sur l’équilibre de ces écosystèmes (l’homéostasie). À l’inverse, une dysbiose — c’est-à-dire toute perturbation dans leur composition ou leur fonctionnement —se trouve associée non seulement à des maladies bucco-dentaires mais aussi à des pathologies systémiques².
Les voyages cumulent de multiples facteurs de perturbation — exposition à de nouveaux environnements, à des sources d’eau inédites, à des régimes alimentaires différents et à des contacts sociaux élargis^3-4, autant d’éléments capables d’altérer les communautés microbiennes résidentes. Véritable porte d’entrée du tube digestif, la cavité buccale a également le pouvoir d’influencer l’écosystème microbien en aval. De vastes études menées à l’échelle internationale ont ainsi démontré que les microbes buccaux peuvent migrer vers l’intestin et le coloniser beaucoup plus souvent qu’on ne l’imaginait, y compris chez des individus en parfaite santé⁵.

3. Quand les voyages introduisent de nouveaux microbes : dysbiose, intoxication alimentaire et diarrhée

L’un des risques majeurs liés aux voyages reste l’infection gastro-intestinale aiguë — souvent transmise par l’eau ou les aliments —, qui s’accompagne immanquablement d’un bouleversement des communautés microbiennes. Des études longitudinales révèlent ainsi que la composition du microbiote se transforme au fil des déplacements et que les épisodes de diarrhée peuvent déstabiliser durablement la structure de cette communauté et faire exploser l’abondance des gènes de résistance aux antimicrobiens pendant plusieurs semaines^6-7. Les voyages favorisent également la colonisation par des organismes multirésistants, en particulier chez les personnes touchées par la diarrhée du voyageur⁶. D’un point de vue clinique, la majorité des cas de diarrhée du voyageur sans complication se résolvent en quelques jours. Néanmoins, les analyses du microbiote suggèrent que notre écosystème ne fait preuve que d’une résilience partielle : si la composition microbienne tend à retrouver son profil d’origine après le retour à la maison, la récupération peut s’avérer tardive ou incomplète. Soulignons enfin que, dans certaines cohortes, les marqueurs de résistance aux antimicrobiens acquis en voyage peuvent persister de longues semaines après la perturbation initiale^6,8-9.

4. Les questions encore inexplorées : temps d’acclimatation, stabilité et persistanc

Malgré l’intérêt grandissant pour l’évolution du microbiote en lien avec les voyages, un suivi longitudinal direct et rapproché de la flore buccale en déplacement fait encore cruellement défaut. Les séries chronologiques consacrées au microbiote intestinal — menées hors contexte de voyage — mettent en évidence une forte variabilité quotidienne, y compris dans des conditions stables. Cela souligne l’impératif d’un échantillonnage longitudinal dense, seule méthode permettant de distinguer les fluctuations temporelles ordinaires des véritables bouleversements induits par le voyage⁴.

S’appuyant sur un programme international de césure d’une durée d’un an, le Dr Wendy Lin suit l’évolution du microbiote buccal d’une cohorte d’étudiants partis explorer sept régions du monde : les États-Unis, le Brésil, la France, la Turquie, le Kenya, l’Inde et la Chine. Cette étude vise à répondre à des questions fondamentales sur la flore buccale qui restent encore en suspens :

• Combien de temps faut-il au microbiote buccal pour s’acclimater à un nouvel environnement ?

• Le microbiote buccal lié aux voyages est-il stable ou, au contraire, hautement dynamique ?

• En combien de temps le microbiote buccal retrouve-t-il son profil initial après le retour à domicile ?

• Les nouveaux taxons ou variants de souches introduits lors du voyage persistent-ils à long terme ?

Conclusion

En modifiant irrémédiablement notre environnement et nos habitudes alimentaires, les voyages offrent une formidable expérience naturelle pour étudier l’écologie du microbiote humain. Si les recherches sur la flore intestinale des voyageurs mettent en évidence des variations rapides de sa composition — aggravées en cas de diarrhée et souvent suivies d’une récupération tardive ou incomplète —, le microbiote buccal reste, quant à lui, le grand oublié de ces observations, alors même qu’il constitue la toute première ligne de contact avec les microbes de l’eau, des aliments et de l’environnement. Mener des études longitudinales sur des cohortes de voyageurs, grâce à un échantillonnage buccal rapproché, permettrait de lever le voile sur des questions fondamentales — l’acclimatation, la stabilité et la persistance à long terme de ces communautés microbiennes — tout en permettant de déterminer si nos périples laissent une empreinte durable dans notre bouche bien après notre retour à la maison.