Um catálogo de genes para a microbiota vaginal

No ano de 2003, o genoma humano já tinha sido descodificado. Em 2008, a descodificação de genomas foi iniciada para as populações microbiológicas dos humanos (projetos MetaHIT e HMP (sidenote: Projeto do Microbioma Humano (Human Microbiome Project) ) ), seguido de uma análise das suas funções a nível da saúde (IHMC (sidenote: Consórcio Internacional do Microbioma Humano (International Human Microbiome Consortium) ) ). Estas bases de dados são essenciais para perceber a estrutura e função das comunidades microbiológicas e o seu papel nas doenças, no entanto estão maioritariamente focadas na microbiota intestinal. Uma mudança deu-se no início de 2020 com a publicação de VIRGO, um catálogo de genes da microbiota vaginal. (sidenote: Catálogo integrado de genes não redundantes vaginais (Vaginal integrated non-redundant gene catalog) )

VIRGO: o mais completo catálogo de genes vaginais

O catálogo VIRGO foi construído usando dados de metagenómica (n = 264) e dados de genomas completos (n = 308) obtidos de amostras e isolados urogenitais. Até ao momento, a base de dados foca-se maioritariamente em bactérias, mas contem também algumas sequências de genes de vírus e fungos. Estão catalogados quase um milhão de genes não redundantes* de bactérias, tendo sido classificados pela sua função e taxonomia. VIRGO abrange mais de 95% da microbiota vaginal humana e pode ser usada para vários grupos étnicos (sidenote: América do Norte, África e Ásia ) , tornando possível a caracterização de genes e a análise da sua abundância e expressão no ambiente vaginal. Já foi demonstrado que existe uma diversidade intraespecífica muito maior do que o inicialmente pensado, levando a questionar a ideia de que o Lactobacillus poderá ser dominante.

VOG: famílias de proteínas agrupadas por função

Os genes identificados no catálogo VIRGO foram traduzidos e agrupados por família de proteínas num segundo catálogo, VOG (Vaginal Orthologous Groups – Grupos de Ortólogos Vaginais). Os investigadores usaram este catálogo para procurar novas variantes de proteínas. Conseguiram identificar uma substituição previamente desconhecida de alanina para valina na sequência proteica de uma toxina secretada por Gardnerella vaginalis. Este catálogo irá tornar possível a identificação de novas variantes de cada proteína, sugerir um significado biológico para essas mesmas variantes e colocar novas hipóteses.

Uma ferramenta rápida e precisa

O catálogo VIRGO é uma ferramenta rápida, precisa e multifacetada para a caraterização da microbiota vaginal: proporciona uma visão global dos grupos de bactérias na vagina e tem um desenho focado nos genes, permitindo uma caraterização por função e taxonomia; é também escalável, altamente sensível – tornando possível a caracterização de bactérias que sejam pouco abundantes -, e é uma ferramenta simples que permite avaliar a variedade genética e a diversidade intraespecífica. Será particularmente valiosa para os utilizadores com conhecimentos a nível informático limitados, com um grande volume de dados para sequenciar e/ou recursos computacionais limitados.

^{* não cria uma sequência duplicada para a mesma proteína}