Un catálogo de genes de la microbiota vaginal

En 2003 se descifró el genoma humano completo. En 2008 se inició la descodificación del genoma de sus microbiotas (proyectos MetaHit y HMP (sidenote: Human Microbiome Project ) ) y luego el análisis de su papel respectivo en la salud (IHMC (sidenote: International Human Microbiome Consortium ) ). Sin embargo, estas bases de datos, fundamentales para entender la estructura y la función de las comunidades bacterianas, así como su papel en las enfermedades, se concentraban principalmente en la microbiota intestinal hasta que a principios de 2020 se publicó un catálogo de genes de la microbiota vaginal: VIRGO (sidenote: Vaginal integrated non-redundant gene catalog ) .

VIRGO: el repertorio vaginal más completo

Este repertorio se elaboró a partir de datos metagenómicos (n = 264) y genomas completos (n = 308) derivados de aislados y muestras urogenitales. Por el momento, la base de datos es básicamente bacteriana y solo incluye unas cuantas secuencias de genes virales y fúngicos. VIRGO contiene cerca de 1 millón de genes bacterianos no redundantes*, clasificados por rango taxonómico y por función. Abarca más del 95% de la microbiota vaginal humana y es aplicable a poblaciones de diferentes orígenes étnicos (sidenote: América del Norte, África y Asia ) . VIRGO permitirá caracterizar y analizar la abundancia de genes y su expresión en el microentorno vaginal. De hecho, ya ha permitido demostrar que la diversidad intraespecie en la vagina es mayor de lo que se pensaba, poniendo incluso en tela de juicio el predominio de una cepa principal de Lactobacillus.

VOG agrupa las familias de proteínas por función

Tras la traducción de los genes identificados en VIRGO, se organizaron en familias de proteínas clasificadas por tipo de función en un segundo catálogo denominado VOG (Vaginal Orthologous Groups), que el equipo de investigadores utilizó para buscar nuevas variantes proteínicas. Resultado: la identificación de una sustitución de alanina por valina hasta entonces desconocida en la secuencia proteínica de una toxina excretada por Gardnerella vaginalis. Así pues, este repertorio permitirá identificar las distintas variantes de una misma proteína, proponer un significado biológico para estas variaciones y plantear nuevas hipótesis.

Una herramienta rápida y precisa

VIRGO constituye una herramienta rápida y precisa para la caracterización de microbiotas vaginales y ofrece numerosas ventajas: un panorama global de las comunidades vaginales, un diseño centrado en los genes que permite incluir una caracterización funcional y taxonómica, una gran capacidad de evolución, una alta sensibilidad que permite caracterizar incluso bacterias poco abundantes, una herramienta sencilla para evaluar la riqueza genética y la diversidad intraespecie. Resultará especialmente valiosa para los usuarios con escasos conocimientos de informática, un volumen importante de secuenciación de datos y/o infraestructuras informáticas limitadas.

^{* sin duplicados que codifiquen para la misma proteína}