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Unanimement reconnus comme l'un des progrès les plus importants du XXe siècle, les antibiotiques ont sauvé des millions de vies.

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Publié le 17 novembre 2020
Mis à jour le 07 janvier 2022

Mais ils peuvent également avoir un impact délétère sur les microbiotes :

  • une dysbiose induite par les antibiotiques, associée à des conséquences sanitaires à court et à long terme ;
  • la multiplication de réservoirs de gènes et d'organismes de résistance spécifiques à l’hôte, suite à une utilisation abusive ou excessive des antibiotiques.

Il en ressort que les antibiotiques doivent être administrés avec précaution et que leur utilisation doit être plus rationnelle.

La dysbiose induite par les antibiotiques peut affecter tous les microbiotes humains :

  • Le microbiote intestinal :
    La diarrhée, principal effet secondaire à court terme après la prise d'antibiotiques, se produit chez jusqu'à 35 % des patients traités1,2,3;

  • Le microbiote urogénital :
    Après un traitement antibiotique, entre 10 et 30 % des femmes développent une candidose vulvo-vaginale4;

  • Le microbiote cutané :
    60 % des patients traités pour l'acné hébergent des souches de Cutibacterium acnes résistantes aux macrolides;

  • Le microbiote ORL (oreille, nez, gorge) :
    Les antibiotiques administrés pour les infections des voies aériennes supérieures multiplient par 2,6 l'incidence de l'otite moyenne aiguë;

  • Le microbiote pulmonaire :
    Les antibiotiques à large spectre utilisés pour traiter les infections pulmonaires sont considérés comme l'un des principaux facteurs responsables des résistances aux antibiotiques.

Que faire ? 

Pour prévenir la dysbiose :

  • adopter une alimentation plus diversifiée, riche en fibres : l'alimentation a une influence considérable sur la composition du microbiote intestinal5 ;
  • l'utilisation de probiotiques6 : lorsqu'ils sont administrés en quantités suffisantes, ces microorganismes vivants (levures ou bactéries) confèrent un avantage certain pour la santé de l'hôte7 ;
  • utilisation de prébiotiques : substrat utilisé de manière sélective par les micro-organismes de l'hôte, conférant un avantage pour la santé8.


Pour promouvoir la reconstruction et la fonctionnalité du microbiote dysbiotique :

  • l'utilisation de probiotiques6 (levures ou bactéries) peut être utile ;
  • la transplantation de microbiote fécal pour traiter uniquement les infections récurrentes à Clostridioides difficile9.


Pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens :

  • explorer la thérapie par les phages10 : les bactériophages, prédateurs naturels des bactéries, étaient utilisés pour traiter les infections bactériennes avant l'avènement des antibiotiques ;
  • étudier le système CRISPR/Cas911 : ces « ciseaux moléculaires » pourraient être utilisés pour mettre en oeuvre des corrections de gènes ;
  • envisager des thérapies basées sur les nanomatériaux12 : les propriétés physiques de certains nanomatériaux leur confèrent la capacité de cibler les biofilms.
Sources

1 McFarland LV, Ozen M, Dinleyici EC et al. Comparison of pediatric and adult antibiotic-associated diarrhea and Clostridium difficile infections. World J Gastroenterol. 2016;22(11):3078-3104.

2 Bartlett JG. Clinical practice. Antibiotic-associated diarrhea. N Engl J Med 2002;346:334-9.

3 Theriot CM, Young VB. Interactions Between the Gastrointestinal Microbiome and Clostridium difficile. Annu Rev Microbiol. 2015;69:445-461.

4 Shukla A, Sobel JD. Vulvovaginitis Caused by Candida Species Following Antibiotic Exposure. Curr Infect Dis Rep. 2019 Nov 9;21(11):44.

5 Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232.

6 Guarner F, Sanders ME, Eliakim R, et al. World Gastroenterology Organisation Global Guidelines. Probiotics and Prebiotics. 2017

7 FAO. Probiotics in Food: Health and Nutritional Properties and Guidelines for Evaluation (Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, 2006)

8 https://isappscience.org/for-scientists/resources/prebiotics/

9 Cammarota G, Ianiro G, Tilg H, et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut 2017 ; 66 : 569-80.

10 Langdon A, Crook N, Dantas G. The effects of antibiotics on the microbiome throughout development and alternative approaches for therapeutic modulation. Genome Med. 2016;8(1):39.

11 Gholizadeh P, Köse Ş, Dao S, et al., How CRISPR-Cas System Could Be Used to Combat Antimicrobial Resistance. Infect Drug Resist. 2020 Apr 20;13:1111-1121.

12 Makabenta JMV, Nabawy A, Li CH et al. Nanomaterial-based therapeutics for antibiotic-resistant bacterial infections. Nat Rev Microbiol. 2020 Aug 19.

 

 

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